启动子定义：启动子是参与特定基因转录及其调控的DNA序列。包含核心启动子区域和调控区域。核心启动子区域产生基础水平的转录，调控区域能够对不同的环境条件作出应答，对基因的表达水平做出相应的调节。
区域：启动子的范围非常大，可以包含转录起始位点上游2000bp，有些特定基因的转录区内部也存在着转录因子的结合位点，因此也属于启动子范围。
怎样寻找基因启动子区?
基因启动子位于基因转录起始位点的上游几kb的区域内，一般来说启动子区域具有一定的保守序列特征，另外，启动子区域一般还具有比较高比例的GC含量，这些高GC含量的区域组成一些GC岛；如果一个新的基因在不能确定其启动子的情况下，最好在设计PCR引物时，多设计几对，最大限度地将新基因的启动子区域囊括在这些PCR里面。。如：你可以分析一下，得到高GC含量的区域，然后在涵盖这个区域设计一系列的引物，然后PCR。
启动子确定的方法
启动子是RNA 聚合酶识别、结合和开始转录的一段DNA 序列，它含有RNA 聚合酶特异性结合和转录起始所需的保守序列，多数位于结构基因转录起始点的上游,启动子本身不被转录。但有一些启动子(如tRNA启动子)位于转录起始点的下游,这些DNA序列可以被转录。启动子的特性最初是通过能增加或降低基因转录速率的突变而鉴定的。启动子一般位于转录起始位点的上游。[
如何查找基因的启动子及预测转录因子
1.对于已知启动子的生物，就不过多赘述了，网上资源很多，可以上blast等生物信息学网站搜索基因序列，很容易得到序列的
2.对于原核生物来说，启动子一般就在起始密码子上游不远处，是紧密相连的，所以启动子及其调控序列一般位于基因上游不远处。
3.对于真核生物来说，启动子有可能在距相应基因的上游或下游，部分甚至距离基因几千kb, 很难准确判断出位置，所以预测的话得用Gel Shift Assay 或者 Dnase I Footprinting 技术来确定，这两个都是比较费时间的实验
如何查找一个基因的启动子序列
“search ensembl“标题下search后的下拉框中选中物种名homo sapiens（人），for框中输入基因名pten，点击go
（2）出现的新页面中比较乱，但不要管它，直接寻找“ensembl protein coding gene ”字样的，对，也就是第二个，点击它
（3）新出现的页面也很乱，不过依然不用管它，看到左侧有点肉色（实在不知道怎么描述了）的那些选项了吗，对，就是“your ensembl”下面那一堆，在里面找“genomic sequence”，点它
（4）现在的界面就一目了然了，在“5' flanking sequence”中输入数值确定启动子长度（默认为600），比如1000，点击update；
（5）出现的序列中，标为红色的就是基因的外显子，红色之间黑色的序列就是内含子，而第一个红色自然就是第一外显子了，那么从开始的碱基一直到第一个红色的碱基间自然就是启动子-1000~+1的序列
如何查找一个基因的启动子
启动子是位于结构基因5'端上游的DNA序列，能活化RNA聚合酶，使之与模板DNA准确的结合并具有转录起始的特异性。
因此：从转录起始位点上游查找可能的转录因子结合位点，查找一些特异性序列。
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