对比形成的mRNA序列与所对应基因序列的长短，如果前者短，后者长，则有内含子，如果一样长，则没有内含子。
内含子是指在mRNA加工过程中被剪切掉的部分，在成熟mRNA中不存在的部分。大多数真核生物的基因都有内含子。需注意的是，在古细菌中也有内含子。在转录后的加工中，从最初的转录产物除去的内部的核苷酸序列。术语内含子也指编码相应RNA内含子的DNA中的区域。
设计一个实验检验一个基因是否含有内含子
首先设计该基因的上下游引物；
其次，以该基因为模板，进行PCR，PCR产物进行测序；
再次，以该基因的mRNA为模板，进行PCR，PCR产物进行测序；
比较两条PCR产物的差别，若mRNA的PCR产物明显缺少部分序列，则该基因含内含子。
如何确定一个基因所含有的内含子的数目和大小?
将该基因的基因组DNA与成熟的mRNA进行比较，在成熟mRNA中不存在的片段就是内含子。
第一个转酯反应由一个游离的鸟苷或鸟苷酸（GTP、GMP或GDP）介导，其3‘-OH作为亲核基团攻击内含子5’端的磷酸二酯键，从上游切开RNA链。
在第二个转酯反应中，上游外显子的自由3‘-OH作为亲核基团攻击内含子3’位核苷酸上的磷酸二酯键，使内含子完全被切开，上下游两个外显子通过新的磷酸二酯键重新连接。
扩展资料：
相位：
内含子可以在转录抄本的任何位置，甚至在以后成为密码子的三核苷酸之间。若内含子位于一密码子的第三位核苷酸和另一密码子的第一位核苷酸，则被称为0位内含子。相应地，位于一密码子第一第二位核苷酸之间的内含子被称为1位内含子。
位于第二和第三位之间时，则被称为2位内含子。这在外显子复制中很重要，处于两同相位内含子的外显子被称为对称外显子，其核苷酸数为3的整数倍，它可以被成功复制，不会造成阅读框的推移。相反，非对称外显子是不可复制的。
参考资料来源：百度百科-内含子
在NCBI上怎么找到一个基因的外显子和内含子？
事实上，在NCBI有很多种办法可以确定某个基因的外显子或者内含子，当然还有UTR区域。今天我们来介绍NCBI的其中一个使用软件Splign来在NCBI上找到一个基因的外显子和内含子。操作步骤如下：
1.在Gene数据库，填入基因名HNF-4，我一般的话习惯叫Symbol，每个基因都有个Symbol，即基因名。
2.我们来mouse的HNF4基因来作为今天的例子。Symbol会随着版本的升级而变化，当然，以前使用过的基因名也会保留着。而Symbol会对应一个GeneID，无论Symbol如何改变，GeneID是唯一的。这个ID是非常重要的。在这个页面，我们将看到HNF4基因的结构图，从图中给出的信息可以看出，HNF4基因有10个外显子。蓝色部分是UTR区，显示在5’端有一小段序列和3’端有一大段序列是UTR。
3.在HNF-4基因的RefSeq区域，我们将可以看到这个基因的参考序列，有mRNA和基因组的。这个区域不一定每个基因都有。NM_开头的序列都是参考序列。
4.接下来我们进入Splign的online界面，你可以通过mRNA和基因组的Accession或是它们Fasta格式的序列进行对比，要注意基因组的序列不要太长。推荐直接在下拉框选项里选择，一般常用的生物都在。
5.结果一目了然，10个外显子，而且还显示mRNA以及对应的基因组比对的序列，并且还可以知道某个外显子在mRNA序列上的区域。就连UTR区的序列也知道了。
怎样看一个基因有没有内含子
多找几个软件预测一下
如FGENESH，看看有没有内含子的可能性；
http://linux1.softberry.com/berry.phtml?topic=fgenesh&group=programs&subgroup=gfind
然后设计引物RT-PCR扩增该基因全长
序列
，测序结果才可确认是否真的有内含子。
如何确定基因的内含子和外显子序列及基因结构图
如何确定基因的内含子和外显子序列及基因结构图
1、首先输入基因的完整学名,找到与基因相关的cDNA序列.在这一cRNA序列的解说信息里,就已经有各外显子的分节.
2、将该cDNA输入Blast进行序列比对,就可以找到其每一个外显子所对应的染色体位置,这些信息就显示了所有的外显子.处于外显子两端的序列就是内含子.
3、如你需要完整的基因序列,需要在blast中选择others这个数据库,然后查找相关的Bac质粒中含有你完整基因的文件,在其中找到你所需的信息.
如何识别外显子和内含子？
外显子捕捉(exontrapping）是构建一种载体，从其插入片段中识别和回收外显子序列，从而克隆目的基因。捕捉外显子的载体pETV—SD是一种反转录病毒穿梭载体（shuttlevector），即可在不同种生物中如大肠杆菌和酵母，细菌和哺乳动物细胞等进行复制的载体（见图5—14）。因为凡是有内含子和外显子的基因在转录后都要经过RNA剪接，这就需要有剪接供体（splicingdonor，SD）位点和剪接受体(splicingacceptor，SA）位点。因此，SA位点可作为基因的标志。pETV—咀载体的克隆位点上游有一个“外显子捕捉序列”
(exontrapcassette），可用来识别载体的插入片段中有无SA位点。它含有β—珠蛋白（HBG）基因的第1个外显子及其有功能的SD位点，该基因的间隔序列（ⅣS）和α，β—半乳糖苷酶（αβ—GAL）基因。
外显子是编码序列，内含子不参与编码，会在转录过程中的加工去除。
内含子和外显子的分界线在于：GU-AG法则。即每个内含子的开始两个碱基都是是GU（或GT），最后两个是AG。
在NCBI等网站里下载到的序列里，已经大部分帮你标注好了exon(XX ..XX),intron(XX ..XX)。不用你自己找了。
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