秦军主力在巨鹿之战中被项羽歼灭。
秦末大起义中，项羽率领数万楚军，同章邯和王离所率四十万秦军主力在巨鹿进行的一场重大决战性战役，项羽破釜沉舟，猛攻秦军，最终全歼王离率领的秦军，并于八个月后迫使另二十万章邯秦军投降，经此一战，秦朝主力尽丧，名存实亡。
秦朝灭亡的时候秦军主力去哪了
1、此时秦军最精锐的驻守长城的北方军团，大部分都是身经百战的关中秦人，后来在主将王离统领下与项羽军决战于巨鹿，全部被歼灭。
2、章邯理由骊山刑徒组织的平叛大军，在平定陈胜吴广起义时发挥巨大作用，后来却投降了项羽。
3、去岭南拓展的秦军，主要是南方各郡县地方军，后来在赵佗率领下割据自立。
4、关中留守军队，后来被入关的刘邦所部消灭。
秦朝灭亡的时候秦朝大军在哪里呢？
自秦王政十七年（前230）到始皇元年（前221），秦始皇采取远交近攻、分化离间、合纵连横的策略，发动并结束了统一六国之战。
秦国起兵时总兵力已有六十万，到了吞并齐国，完成了一统大业，已经坐拥百万雄师了。同时期的欧洲最大的战役第二次布匿战争，双方投入的总兵力也不过十余万，比起秦朝就像小孩子过家家一样。不客气的说，若是秦始皇打算远征欧洲，击破罗马统一欧洲也是轻而易举的。
然而就是这么强盛一时的秦国，却在完成统一后十四年就走向了覆灭，那么就在项羽刘邦联合破秦之时，联军的总兵力也就二十余万，秦军为何不堪一击让联军攻破咸阳，秦朝的百万军队又在何处？
灭秦的最后一战为咸阳之役，当时的咸阳由苏角，李由等人防守，主要由驻扎在咸阳的卫尉军、中尉军、都尉军三支军队守卫。卫尉军是负责宫廷的近卫精锐，只有一万人左右。中尉军则是护卫咸阳的近卫精锐，约两万人左右。而都尉军的职责，就是保证咸阳外围地区的安宁，十万人左右。而这三支军队也绝非秦国的最强战力，秦军的主力此时还没有回防咸阳。
秦军的最强主力在北方，是原本由蒙恬率领的三十万戍卫边军组成的。当时匈奴对中原的侵扰频繁且凶悍，作为直面匈奴、肩负着保家卫国重任的一线部队，这一支军队也是全都由精兵组成。秦朝有难，就算不能全部抽调，只调动三分之一的"蒙家军"，抵御刘邦与项羽的军队也可以大大缓解局势。
然而天不遂人愿，"蒙家军"在天下动乱之前横遭变故。始皇死在了东巡的路上，秦二世胡亥为了篡位，与李斯、赵高勾结，隐瞒死讯，秘不发丧，并假传密诏杀害公子扶苏，而蒙恬作为扶苏最有力的支持者，自然也难逃一死。
蒙恬死前，担心蒙家军做出冲动之举，便要求他们驻守边疆，禁止南下。而蒙恬在边军威望极高，他的含冤而死，不仅使得蒙家军群龙无首，更使得他们对新帝失望，再加上他死前的命令，边军更不会在咸阳有难的时候前去援助了。
北方的秦军主力蒙家军不来驰援咸阳还情有可原，若非蒙恬冤死，蒙家军面对咸阳之难也不会坐视不管。然而秦国的另外一支主力军队没有能够援救咸阳却令人百思不得其解了。
嬴政二十五年（前222），秦朝完成一统大业，称皇称帝的前一年，秦始皇派屠雎、任嚣、赵佗率50万分五路大军南下征服百越。
百越在当时就是我们所说的蛮荒之地，以秦朝当时的军事能力率领五十万大军南下讨伐百越，不说席卷百越，十余年的时间也早该征伐成功，绝对有能力北上平反，但是为何不见踪影？
这一支南下的军队，不是不能救，而是不想救。秦朝末年，奸臣赵高进谗秦二世胡亥，秦朝大权都掌控在了赵高的手里。而南下的这只军队，确实征服了岭南地区，但是见国内时局动荡，公子扶苏被害，便心生另起门户之意，在咸阳有难之时选择了隔岸观火。
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